地下卧底
如果在完成主线任务“分子等级“时，你是和铁路组织合作的，那么你会得到戴瑟蒙娜给你的网络扫描器全像卡带。
在学院内，找到任何一台终端机，侵入后，插进网络扫描器全像卡带，选择复制加密讯息，会收到来自爱国者的回复。按返回，选择”阅读紧急回复“，即可和爱国者见面。
爱国者即黎安·贝奈，在学院先进系统的维修室里。见面后跟他去见合成人Z1-14。
再次和黎安对话后，回到戴瑟蒙娜处报告。
和戴瑟蒙娜对话后，去铁路HQ的小帕姆主机终端机上，选择输入学院报告。之后和旁边的机器人小帕姆对话。之后前往剑桥聚合物研究所。
剑桥聚合物研究所里机器人茉莉会迎接你。
如果你顺着它的话说，跟着它走，最后会被锁在脱毒室。有密码的终端机在C3实验室，进入有两种方法：
骇入控制们的终端机（专家级）。
从旁边的通向天花板的斜坡爬上去，一路绕到底，再跳下去。
就是这个斜坡
拿到密码后就需要出去，可以在C3实验室的终端机进入设施防卫系统进行紧急复写，茉莉会来杀你，一路杀出去后就可以打开脱毒室大门出去了。
你也可以选择在这收集材料完成专案工作再出去。
以上全部过程更快的方法是，刚进研究所，不要和茉莉吹比，立刻把茉莉干掉。你会拿到一把钥匙。之后用钥匙直接进入楼上的房间，用这里的终端机解开安全锁即可进入脱毒室。之后重复同样步骤拿到密码。
回到铁路HQ和戴瑟蒙娜对话。之后回到学院，和爱国者黎安对话，把密码给他。再和合成人Z1-14对话，他要一天时间准备。
在椅子上等待一天（或者用别的方式打发一天）后，再和Z1-14对话，准备开始行动。这里有一个可选任务，你可以把任意武器放到地图表明的箱子里，帮助合成人。不放也没有关系，直接通过电梯下楼，杀死所有守卫。
回到Z1-14处，他会让你继续和父亲大人合作。
之后你需要继续完成学院任务”人类——重新定义“和”大核融合厂“。
完成这两个任务后，Z1-14会找你见面。他会告诉你钢铁兄弟会要来搞铁路了，回铁路HQ报信，之后开始任务“战事一触即发”。
